該中心是自治區環保局派出的執法監督機構，主要承擔以下職責：監督地方對國家和自治區環境政策、法規、標準執行情況；承辦重大環境污染與生態破壞案件的查辦工作；承辦跨盟市區域和流域重大環境糾紛的協調處理工作；參與重大、特大突發環境事件應急響應與處理的督查工作；承辦或者參與環境執法稽查工作；督查重點污染源和自治區審批建設項目同時設計、同時施工、同時投入使用的執行情況；督查區域內自然保護區、重要生態功能保護區環境執法情況；負責跨盟市區域和流域環境污染與生態破壞案件的來訪投訴受理和協調工作；核查所屬區域主要污染物減排情況；承擔自治區環保局交辦的其他工作。

    自治區環保局有關負責人表示，我區幾大主要水系，如嫩江、松花江、額爾古納河、西遼河都在東部，內蒙古東部環境保護督查中心的成立對于開創區域污染聯防聯治新局面將起到重要作用。